Neurofeedback jest zazwyczaj uważany za bezpieczny, a występowanie skutków ubocznych jest rzadkie. Ważne jest jednak, aby pracować z wykwalifikowanym terapeutą i podać wszelkie choroby lub leki przed rozpoczęciem leczenia.
Celem zminimalizowania reakcji nieporządanych lub skutków ubocznych, niezbędne jest wykonanie diagnostyki wstępnej EEG i QEEG.
